上海市水利院致力于城市防洪工程的規劃設計。自上世紀80年代起，上海市水利院對長江口、杭州灣“千里海塘”和黃浦江“千里江堤”進行了規劃設計，先后完成了蘇州河河口水閘工程、吳淞路閘橋、淀東水利樞紐及上海市西部地區防洪工程等市重大防汛工程，承接了浦東國際機場、虹橋樞紐、上海化學工業區等區域性排水工程，為上海構筑了一道防汛安全屏障。